Как open source решение помогает всему миру разработать доступное лекарство от COVID-19
Меня зовут Петя Пархоменко, я один из дизайн-директоров компании EPAM. Сегодня будет вдохновляющая история о пользе Open Source проектов. О том, как наш редактор химических формул помогает учёным из разных стран объединяться и спасать мир.
Мы сами не ожидали, где и как пригодится наш продукт
Есть как минимум две причины, которые вдохновляют нас на разработку некоммерческих проектов. Первая — сделать мир лучше, помогая другим людям делать его лучше. Вторая причина — немного прославиться, показать всем, чем мы занимаемся и что умеем.
Специфика работы в EPAM заключается в том, что почти все наши проекты под жесточайшим NDA, и мы не сможем вам о них рассказать, пока вы не придёте к нам на собеседование. А собственные проекты — это хорошая возможность «пошуметь» в профессиональном сообществе.
Ketcher стал одним из наших некоммерческих проектов. По сути, это графический веб-редактор химических формул — лёгкий, понятный и быстрый. Можно нарисовать формулу с нуля, загрузить из файла или импортировать из картинки.
Вот как выглядела первая версия Ketcher. В принципе, все нужные функции там уже были, но нам хотелось сделать пользовательский интерфейс удобнее
Ketcher — проект с богатой историей на GitHub. В прошлом году мы собрали отдельную дизайн-команду волонтёров. Ребята отправились на поиски существующих пользователей, чтобы понять, в какую сторону улучшать Ketcher. Главным открытием для нас стал проект MoonShot — международная команда учёных, встроившая в свой процесс исследований лекарства от COVID-19 наш редактор.
Чем занимаются учёные в проекте MoonShot
Некоммерческий проект MoonShot запустила научная организация PostEra — в его рамках учёные со всего мира разрабатывают лекарства от COVID-19. Некоторые фармацевтические компании уже продают лекарство от коронавируса по 500–700 $ за курс, а основная цель MoonShot — найти более доступную формулу, чтобы наладить массовое производство препарата и сделать его дешевле. У препарата даже не будет патента — любая фармакологическая компания сможет воспользоваться итоговой формулой и выпустить лекарство. Это круто: так препарат будет доступен в любом уголке Земли.
Проект работает по принципам открытой науки: собирает деньги на разработку, а взамен открыто рассказывает в Сети о своих успехах и неудачах. В 2022 году учёные планируют запустить клинические испытания лекарства от COVID-19.
Как на проекте MoonShot используют Ketcher
Чтобы ускорить разработку лекарства, основатели MoonShot сделали платформу для сбора заявок максимально открытой. Любой учёный может загрузить свою формулу, и экспертный совет оценит её потенциал и передаст в дальнейшую обработку ИИ.
Вот как выглядит процесс:
Учёный загружает химическую формулу в Ketcher. Он может собрать её прямо в редакторе или найти в интернете составные части соединения и собрать свою формулу на платформе. В графе «Текст» учёному нужно описать, почему эта формула может помочь. Можно привести теоретические доказательства, не обязательно эксперименты.
На сайте проекта MoonShot встроен редактор Ketcher, который позволяет нарисовать молекулярную формулу или загрузить уже готовую. Это вторая версия Ketcher, сейчас мы работаем над третьей
Ketcher переводит нарисованные элементы химической формулы в текстовый вид, а потом за дело берётся искусственный интеллект PostEra. ИИ не только оценивает формулу, но также предлагает варианты, как именно синтезировать такое же или похожее вещество.
PostEra открыла проект MoonShot в конце марта 2020 года и уже в апреле получила 3 500 вариантов формул от 280 учёных со всего мира. Новые заявки приходят до сих пор. |
Как крауд-проекту MoonShot удалось быстро найти работающие формулы и запланировать клинические испытания через два года после начала разработок
Я думаю, проект MoonShot провалился бы, если бы на разных этапах его не поддержали неравнодушные люди.
Учёные пользуются бесплатными программами, которые ускоряют разработку лекарства, например веб-редактором химических формул Ketcher.
Сотни учёных со всего мира безвозмездно придумывают формулы для лекарства от COVID-19 — денег на этом этапе они не получают, рассчитывать на зарплату могут лишь те, чьи формулы признают потенциально удачными.
Проект MoonShot запустил краудфандинг и собрал 60 421 $ добровольных пожертвований.
Отдельные компании жертвуют деньги на разработку лекарства от COVID-19 и выдают гранты. Например, компания LifeArc выдала учёным MoonShot грант в размере 100 000 фунтов стерлингов.
Американская организация банкиров предоставляет проекту MoonShot высокомощные компьютеры для автоматизированных экспериментов. Это ускорило проверку потенциально удачных соединений — проверка на лабораторных животных заняла бы куда больше времени.
Компании по всему миру предлагают свою помощь. Например, самые удачные соединения препарата синтезируются компаниями Enamine на Украине, Sai Life Sciences в Индии и Wuxi в Китае.
Это пример эффекта домино: достаточно небольшого импульса. Пара человек решает запустить некоммерческий проект, и на них буквально сходит лавина предложений о сотрудничестве: учёные присылают свои наработки и готовы трудиться днём и ночью, частные компании и государства выделяют деньги, а IT-компании бесплатно предлагают технологии и опенсорс-программы.
Так наш pet-проект принял участие в большой коллаборации, которая дала людям и технологиям возможность объединиться и совместно делать по-настоящему крутые вещи. Это вдохновляет.
