Раздача научного софта. Бесплатно23.05.2014 07:03

Так уж получилось, что до того, как стать физиком, я хотел быть программистом. Не сложилось, но тяга писать программки не прошла. Как результат — за 15 лет работы в науке, было написано приличное количество разнообразного прикладного софта. Конечно, большая часть была совершенно одноразовой, и мотивацией для ее написания была фраза из мультика — «лучше час потерять, потом за пять минут долететь». Но некоторые вещи оказались долгоиграющими, пошли «в народ», кое-что даже продается. Для продажи этого «кое-чего» даже был создан сайт, ориентированный на «заграницу», но это было сделано больше ради эксперимента, а не с целью заработать какие-то реальные деньги, тем более что софт по большей части очень специфический, и спрос на него не велик. Но хватит о коммерции.Я бы хотел совершенно безвозмездно поделится частью своих наработок (тем, что не очень стыдно показать) с хабрасообществом, в надежде, что они могут оказаться полезными для молодых (и не очень) ученых, аспирантов и студентов, и кто-то сможет использовать их в своей работе. Вашему вниманию предлагается следующее (в порядке возрастания специфичности):

SciRef — менеджер цитирований. AFM Vision — удобная визуализация данных атомно-силовой микроскопии. Raman 2D — построение карты распределения интенсивности Рамановского излучения. X-Ray Calc — симуляция рентгеновской дифракции тонких пленок. Подробное описание возможностей, скриншоты (много) и ссылки — под катом.Менеджер цитирований SciRefЭто, пожалуй, наименее специфический софт из упомянутого выше, который может использоваться не только физиками, но и специалистами из других областей (биология, химия и т.д.). Желание сделать свой велосипед возникла как результат неудовлетворенности имевшимися на тот бесплатными и не очень приложениями — Zotero, Mendeley, EndNote — десятки их. Но в одних случаях останавливала цена, в других — недостатки интерфейса, в третьих — недостаток или, наоборот, избыток функций. На тот момент у меня уже был трехлетний опыт разработки MyHomeLib, поэтому было решено написать такой менеджер, который бы максимально устраивал меня по идеологии и функционалу. При этом интенсивно использовались интерфейсные наработки из MyHomeLib? что существенно ускорило процесс. Вот что получилось в результате: Основные возможности:

Каталогизация ссылок (включая не только библиографическую информацию, но и файлы статей) Поддержка самых ходовых форматов обмена библиографической информацией (RIS, ENW, NBIB) Встроенный просмотр pdf и djwu Интеграция с MS Word Гибкая настройка стилей для списка цитат Многоуровневая группировка статей Локальный поиск по библиографическим данным Возможность легко создавать бекапы данных Что бы это не выглядело как проделки маркетологов, я просто опишу использование SciRef при подготовке статьи.И так, пункт первый: формирование базы цитирований. Наиболее занудная часть, которая больше всего пугает новых пользователей подобного софта. Конечно, данные можно долго и нудно вводить руками, но к счастью, есть более простой метод. Сейчас у подавляющего большинства журналов можно скачать библиографическое описание статей в одном из упомянутых выше форматов. Поэтому алгоритм заполнения базы выглядит следующим образом: находим нужную статью на Google Scholar, переходим на сайт журнала, жмем «Download citation», открываем скачанный .ris файл в SciRef. Повторяем для всех нужных статей. На этом этапе имеет смысл создать в SciRef группу, и добавлять свежие ссылки туда. Это очень облегчает жизнь, когда количество статей в базе переваливает за сотню. Так же на этом этапе можно добавить и текст стать. SciRef умеет как «пристегивать» локальные файлы, так и скачивать их самостоятельно (в зависимости от издательства и наличия у вас доступа).Вкладка «Группы»:

Пункт второй: Написание текста статьи и добавление в нее цитат. Тут все просто — пишем текст в MS Word, в нужный момент выделяем ссылку в SciRef, жмем кнопку «Добавить в MS Word». Ссылка вставляется как стандартный вордовский объект. Хинт: что бы ссылка в документе выглядела красиво (это так: [1]), нужно в самом Word задать стиль ссылок IEEE 2006. Потом пишем дальше, вставляем ссылки и так до конца. При в ставке нескольких ссылок подряд, они будут выглядеть так [1][2][3], пусть вас это не смущает, исправим это позже.Преимущество использование стандартных ссылок Word состоит в том, что он сам позаботится о правильном порядке нумерации. Т.е. если возникнет необходимость поменять местами пару абзацев текста, или добавить ссылку в начале — не нужно беспокоится о правильной нумерации, все перестроится автоматически.

Пункт третий: Добавляем список цитирований в документ. Тут тоже все просто: переходим на последнюю страницу Word, потом возвращаемся в SciRef. Выбираем нужный стиль в зависимости от целевого журнала, и просто жмем «Insert bibliography». При необходимости, формат списка можно гибко настроить в менеджере стилей. Вот пример списка для Nano Letters:

(1) Penkov O.V.; Pukha V.E.; Devizenko A.Y.; Kim H.J.; Kim D.E. Nano Lett. 2014, 14, 2536–2540.

Ну и, наконец, Пункт третий: финальная обработка. Перед самой отправкой статьи в редакцию, нужно преобразовать вордовские объекты-ссылки в текст, заодно объединить последовательности [1][2][3] в более приятное редакторскому глазу [1–3]. Делается этот одной командой — «Convert objects to text». Все готова.

Это далеко не все возможности SciRef, но самые основные. Остальное я постарался подробно изложить во встроенной справке.

Напоследок, важное замечание про «сколько это стоит». Программа распространяется как shareware с 60-дневным триалом. Но: SciRef совершенно бесплатна для пользователей ex-USSR. Если у вас в системе русская или украинская локаль- просто пользуйтесь и все. Если нет — напишите мне в ЛС, я пришлю ключик.Прямая ссылка. (8 mb)

Теперь, коротко, об остальном.

AFM Vision Небольшая утилитка для визуализации данных атомно-силовой микроскопии (AFM)/ Основная задача — подготовка 2D и 3D изображений, которые не стыдно в ставить в статью. Заточена под форматы данных микроскопов Seiko (.iqt) и Park Systems (.txt). Но, помимо этого, поддерживает импорт из серого bmp, что позволяет загрузить любые данные. В этом случае нужно будет только указать минимальный и максимальный уровень высоты.Основная вкладка:

Можно поменять уровни, немного отфильтровать, посмотреть вертикальное и горизонтальное сечение (профиль) в любом месте. Профили можно сохранить в текстовом формате или скопировать в буфер.Вкладка 3D: Можно настроить палитру, масштаб, углы поворота (мышкой). Настройки можно сохранить в виде профиля для повторного использования.Примеры использования: раз и два.Прямая ссылкаRaman 2D Недавно выяснилось, что крутейший Рамановский спектрометр (LabRam Aramis) умеет снимать карту распределения, но совершенно не умеет с ней работать! Т.е. оно просто сохраняет спектр для каждой точки в отдельный файл. И вместо картинки 15×15 мы получаем 225 текстовых файлов. Пришлось срочно изобретать еще один велосипед. Вот что получилось в итоге:

Работает просто — указываем папку с нашими данными, задаем маску имени файлов, жмем «Start import», получаем карту. Можно выбрать тип данных — интенсивность линий (интегральную или пиковую), либо соотношение интенсивностей (полезно для графена), построить карту смещения линий. Диапазоны настраиваются, так что можно использовать и для других элементов помимо углерода. Пример использования.В архиве с программой есть две папки с примерами исходных данных, для «поиграться». Никакая активация и инсталляция не нужны, просто распакуйте архив.Прямая ссылкаX-Ray Calc Наиболее специфическая программа из представленных. И самая любимая, потому как разрабатывается уже 15 лет (с перерывами). Предназначена для моделирования малоугловой рентгеновской дифракции. Реализован метод рекуррентных соотношений (Barbee T.W. Opt. Eng. 1986, 25, 899–915). Простейшее применение — определение толщины однослойных пленок с помощью рентгеновской дифракции. Поддерживает модели любой сложности, как периодические, так и апериодические, и их комбинации. Все эти годы интенсивно используется в Лаборатории рентгеновской оптики Харьковского политеха.

Позволяет одновременно отрисовывать неограниченное количество моделей и экспериментальных кривых. Основная фишка — удобный ручной подбор параметров теоретической модели под экспериментальные данные. Примеры использования: раз и два.Условия распространения — те же, что и у SciRef (т.е. бесплатно) + обязательная ссылка при публикации.Прямая ссылкаPost Scriptum Надеюсь, что что-то из выше перечисленного окажется полезным и я не зря написал эту простыню. Ссылки на сам сайт не даю, дабы не было рекламой.Так же просьба сообщать об опечатках с личку. Спасибо за внимание.______________________