Биологи полностью расшифровали геном енотовидной собаки
Исследователи из Политехнического университета Валенсии и Университета страны басков смогли аннотировать полный геном енотовидной собаки. Известно, что этот вид является переносчиком многих заболеваний, которые могут поражать человека, включая Covid-19.
Енотовидные собаки (Nyctereutes procyonoides), близкие родственники лисы (Vulpes vulpes) произошли из Восточной Азии, а в 1940-х годах были завезены в Европу. Хотя самые южные популяции, обнаруженные на данный момент, находятся во Франции, исследования предсказывают, что животные могут поселиться на Пиренейском полуострове в течение следующих 20 лет. Это имеет большое значение с точки зрения общественного здравоохранения, поскольку, как известно, енотовидная собака является переносчиком множества заболеваний, которые могут поражать людей, включая коронавирус.
Для расшифровки генома использовались долгое секвенирование третьего поколения (PacBio и Oxford Nanopore Technologies) и методы биоинформатики. Основная проблема заключалась в сложной хромосомной структуре вида, которая характеризуется наличием необычно больших теломер и центромер, а также различного количества хромосом B-типа. Все эти элементы характеризуются некодирующими повторяющимися участками ДНК, которые очень трудно секвенировать и впоследствии изучать.
Размер полученного генома составляет 2,39 гигабаз, в нем идентифицировано и аннотировано более 27 тысяч генов. Кроме того, 39% собранного генома состоит из повторяющихся областей.
b) Естественный (оранжевый) и нынешний и прогнозируемый (фиолетовый) ареалы обитания енотовидной собаки. c) Рабочий процесс сборки и аннотации генома. d) График, показывающий глубину охвата генома считыванием, GC-состав и размер охвата. e) Синтения генома, полученная с помощью инструмента визуализации Jupiterplot.Несмотря на то, что енотовидные собаки на 12 млн лет «моложе» волков, выяснилось, что у обоих видов существует сходство между структурой и составом геномов.
Данная работа послужит для будущих исследований, которые включают ассоциацию генов с болезнями, изучение архитектуры хромосом, а также для работ по теории эволюции.
