[Перевод] Омикрон: почему паниковать рано
Важно: информация в статье актуальна на момент публикации её оригинала 2–3 декабря. В следующие несколько недель появятся надёждные данные, будут проведены качественные исследования, и многие вопросы, заданные в статье, найдут ответы.
Перевод статьи из блога Дерека Лоува, PhD в органической химии, специалиста по разработке фармацевтических препаратов, колумниста журнала Королевского химического общества Chemistry World.
Оригинал картинки: wegotthiscovered.com
Ну вот и появился очередной вариант, с которым придётся считаться. Говорить о чём-то наверняка пока преждевременно, но можно хотя бы сгруппироваться и подготовиться к анализу информации, которая будет появляться следующие несколько недель. Итак, введение в Омикрон.
Что это вообще за вариант?
Первым делом бросается в глаза множество мутаций по сравнению с остальными вариантами, даже Дельтой (об этом ниже). Но, как я уже говорил, эти мутации распределены очень неравномерно. Напоминает это всё «подборку лучших хитов», потому что многие ранее обнаруженные полезные мутации теперь окажутся полезными Омикрону. В области, кодирующей нуклеокапсидный белок, их только две. Обе уже встречались, и они могут быть связаны с повышенной вирусной нагрузкой. В области ORF1a (иногда обозначается NSP6) мы видим делецию трёх остатков — такое мы тоже уже наблюдали, эта мутация может способствовать уходу от иммунитета (но это не точно). А вот в S-белке (белок-шип) изменений очень много. Их количество, как и то, что все они обнаружились разом в одном варианте, вызывает изрядное удивление. К примеру, там есть вставка трёх аминокислот в позиции 214, такого мы раньше, по-моему, не встречали. Есть и несколько изменений возле сайта фуринового расщепления (S1-S2) и сразу несколько — вокруг рецептор-связывающего домена (RBD) на кончике шипа.
Некоторые из этих мутаций (особенно делеция 69–70) оказываются полезными для обнаружения Омикрона на раннем этапе, потому что на эту часть шипа нацелен один из часто используемых ПЦР-тестов (TaqPath). Тест находит другие два гена-мишени, но не третий, изменённый в Омикроне. Необнаружение S-гена уже использовалось для отслеживания вариантов, которые достаточно далеко ушли от искомой последовательности. Тест не говорит, чтó именно это за вариант, но даёт понять, что последовательность S-белка какая-то странная, а это уже повод для секвенирования. Выпадение S-гена как раз было одной из главных улик, подсказавших южноафриканским учёным: произошло что-то эдакое.
Как и откуда появился Омикрон?
Хороший вопрос! Если посмотреть на филогенетическое дерево, то окажется, что Омикрон «гуляет сам по себе» и с другими широко распространёнными вариантами не связан, так что Дельта тут ни при чём. Последовательностей по дороге от предка (ближайшая последовательность родом из середины 2020 года) к Омикрону мы видим немного. В реальности они, конечно, когда-то существовали, просто мы их не замечали и не секвенировали. Почему? Сразу приходит на ум мысль о том, что Омикрон мог развиться в организме одного единственного пациента с ослабленным иммунитетом в течение недель, а то и месяцев. Напомню, каким образом в рамках исследований инфекцию «обучают» резистентности к какому-либо лекарству в лаборатории: патоген подвергают воздействию сублетальных концентраций препарата и начинают их постепенно увеличивать. То есть вы не убиваете всё подчистую, а даёте вирусу или бактерии шанс побороться за жизнь, имея некоторую фору. Это позволяет мутациям накапливаться и проявлять себя по мере того, как выживать становится всё сложнее.
Вот именно это и происходит внутри пациента с коронавирусом, если у его иммунитета не получается включиться на полную
Вирус и иммунная система вступают в долгую битву, в которой ни одной из сторон не удаётся достичь решающего преимущества, а эволюция-то всё это время не прекращается. Вот почему в случае бактериальной инфекции обязательно нужно пить антибиотики полным курсом, а также почему эффективные вакцины ещё и препятствуют образованию новых вариантов: чем быстрее патогены будут уничтожены, тем меньше у них будет времени попробовать себя на просторах эволюции. Нужно оказывать на них немедленное и мощное давление. Если займётесь этим спустя рукава, вы пожалеете об этом.
Больной с иммунодефицитом — одна из версий, но некоторые вирусологи считают, что даже она не может объяснить столь большое число изменений в Омикроне. Ещё одно возможное объяснение (см. вот эту статью) такое: в какой-то момент вирус мог передаться от человека к некоему животному, а потом назад. Передача от человека к животному вполне возможна: например, после начала пандемии SARS-Cov-2 стал обнаруживаться у белохвостых оленей, чего раньше не бывало. В конце прошлого года вирус от человека подцепили норки, заражались и представители других видов. Возможно, предшественник Омикрона (что-то из клады 20B) в последние месяцы эволюционировал в животных резервуарах, а потом снова попал к людям. Так или иначе, обе версии правдоподобны, выбрать одну пока не хватает оснований. Подробнее о вопросах происхождения см. здесь и тут.
Омикрон более заразный? Ему легче преодолеть наш иммунитет?
Это главное, что мы постараемся выяснить в ближайшие дни и недели. Пока ответы на эти вопросы неясны (несмотря на то, что написано в некоторых новостных заголовках). Случаи Омикрон выявляют всё в новых странах, и так будет продолжаться. В Великобритании начался рост числа положительных тестов на выпадение S-гена, что намекает на возможное распространение нового варианта. Подобных данных по США я пока не видел, отчасти из-за низкого качества системы тестирования и наблюдения. Но первый случай в США уже был обнаружен на днях в Калифорнии, так что остальные штаты подтянутся в следующие пару недель, сомнений здесь мало. Израиль, Германия, Нидерланды, Япония, Бразилия и другие страны тоже начинают сообщать о случаях выявления Омикрона, подтверждённых секвенированием.
А вот дальше, на самом-то деле, всё может развиваться несколькими путями. Внезапный наблюдаемый рост в Южной Африке, конечно, говорит в пользу версии о повышенной заразности, но нужно дождаться и понаблюдать, как пойдёт дело в других местах. Напомню, что вариант Лямбда сильно проявился в Перу, Чили, Аргентине и других частях Южной Америки ещё летом, но в остальном мире так и не «выстрелил». В июле/августе на этом фоне звучало много призывов готовиться к худшему, но ничего такого не случилось (я не жалуюсь, если что). Вместо этого в мире господствовала Дельта. Омикрон может сбросить её с трона. А ещё карта боевых действий может фрагментироваться, и в разных районах будут доминировать разные варианты (в основном так и получалось до сих пор). Или — менее вероятно, но всё же возможно — Омикрон может оказаться даже меньшей проблемой, чем он представляется сейчас.
Вот тут Тревор Бедфорд приводит хороший первичный анализ данных, доступных на сегодня. На основе ряда разумных и правдоподобных предположений он показывает, что существует спектр связанных друг с другом возможных показателей заразности и ухода от иммунитета, различные варианты должны лежать на одной из семейства кривых в этом пространстве. Пока данные говорят, что либо Омикрон легче (чем Дельта) передаётся, зато имеет меньше шансов обойти иммунитет, либо наоборот — хуже передаётся, но лучше уходит от иммунитета. Данные можно расположить и где-то между этих двух крайних точек.
На что данные пока совсем не указывают, так это на сценарий коронавирусного апокалипсиса, при котором Омикрон и передаётся легче, и от защиты уходит лучше Дельты
Если бы это было так, поверьте, дела были бы куда хуже, чем мы наблюдаем на самом деле. Учитывая большое количество мутаций в районе шипа, Тревор Бедфорд полагает вероятным, что Омикрон выигрывает в уклонении от иммунитета, а значит проигрывает в трансмиссивности, и что в конце концов он может проиграть Дельте в заразности. И если вот эта новость из Израиля подтвердится, ты мы, возможно, это и наблюдаем.
Однако способность легче избегать иммунитета — это, разумеется, тоже ничего хорошего. Хотя, не устаю повторять, это не означает, что защита, предоставляемая вакциной или перенесённой инфекцией, вдруг сделалась бесполезной. Нет, просто она в некоторой степени снижена. В какой именно степени — пока непонятно. Всем по прежнему обязательно нужно пройти вакцинацию и, по возможности, ревакцинацию. Это гораздо лучше, чем пытаться одолеть Дельту или Омикрон с неподготовленной иммунной системой, а если последний и впрямь обладает повышенной способностью обходить человеческий иммунитет, то и подавно. Мне много пишут люди, у которых есть опасения относительно вакцин, и хотя я их большей частью не разделяю, но я хотя бы могу их по-человечески понять. А вот те, кто отказывается от вакцинации, думая, будто имеют лучшие шансы побороть вирус без нее, — их я понять никак не могу.
Что дальше?
Сейчас нужно собрать как можно больше достоверных данных и насколько можно быстро. Мы внимательно отслеживаем распространение нового варианта и пытаемся обнаружить, сколько людей заразил каждый следующий больной. Постоянно секвенируем, на случай если Омикрон попытается мутировать во что-нибудь ещё хуже. Как только появятся выздоровевшие, изучаем, как выглядит их иммунный ответ, сравниваем его с Дельтой и прочими вариантами. В экспериментах (которые уже идут) мы берём кровь людей, переболевших Дельтой; получивших две вакцины; тех, кто уже получил бустер, и сравниваем, как их антитела противодействуют Омикрону in vitro. Результаты таких экспериментов дадут в первом приближении понимание, чего мы вправе ожидать от каждой из этих групп популяции, если Омикрон действительно покорит мир. А потом следим за реальными данными, сравнивая их с предсказаниями. Пока мы мало что знаем, но это изменится очень скоро.
