Вышел UGENE 1.9.0
UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.
UGENE отлично работает на Windows, Mac OS X, Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.
Лицензия: GPLv2
Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3,4 и KAlign
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED
- Филогенетический анализ с помощью Phylip
- Поиск сайтов рестрикции
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов
- Сборка контигов с помощью Bowtie
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON
- Поиск открытых рамок считывания
- Обратная трансляция белков
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана
Основные изменения:
- Поддержка клонирования in silico. Теперь, используя UGENE, можно моделировать эксперименты генной инженерии: автоматически разбивать последовательности на фрагменты и конструировать новые молекулы из заданных фрагментов.
- Новый инструмент: конструктор запросов. Этот инструмент позволяет анализировать и строить комплексные запросы. Алгоритмы в запросах согласуются с помощью наборов простых правил и логических выражений.
- Высокопроизводительные вычисления: поддержка OpenCL.
- Конструктор вычислительных схем: новый легко-читаемый текстовый формат и язык описания схем.
- Улучшения интерфейса: система всплывающих сообщений.
- Поддержка внешних программ: BLAST+ и T-Coffee.
- Редактор множественных выравниваний: трансляция нуклеотидного выравнивания в аминокислотное.
- Удалённые базы данных: поддержка запросов.
