nVidia: мощь суперкомпьютера в настольном ПК для учёного
Как сообщила компания nVidia, научные исследования в области поиска новых форм лекарств, традиционно занимающие большое количество времени, теперь получат значительное ускорение благодаря программе AMBER 11, позволяющей ученым использовать вычислительную мощь своих настольных ПК.
AMBER 11 - новая версия одного из самых популярных приложений для биохимиков и других ученых, занимающихся молекулярной динамикой, оптимизирована для работы с графическими процессорами nVidia, которые, по словам производителя, обеспечивают прирост скорости вычислений до 100 раз по сравнению с традиционным сервером на базе CPU. Графические процессоры дарят производительность, которую раньше можно было достичь только на суперкомпьютерах. Теперь ученым не придется ждать своей очереди на единственный суперкомпьютер или кластер серверов факультета.
«На мощные вычислительные ресурсы обычно большая очередь, мы вынуждены ждать несколько дней, чтобы провести одну симуляцию. В целом для одного проекта это выливается в недели», - сказал д-р Росс Уолкер (Ross Walker) из Вычислительного Центра Сан-Диего при Университете Калифорнии, которой внес большой вклад в развитие AMBER.
AMBER 11 использует преимущества графических процессоров серии nVidia Tesla 20, включая архитектуру параллельных вычислений CUDA, специально созданную для ресурсоёмких вычислительных приложений. В первых тестах AMBER д-р Уолкер получил более десяти отчетов о тридцатикратном приросте скорости вычислений в биомолекулярных симуляциях.
«Благодаря GPU мы теперь можем делать большую часть работы на настольном ПК, и это меняет все. Все исследовательские отделения, которые желают инвестировать средства в компьютерные ресурсы для AMBER, должны сперва оснастить всех ученых рабочими станциями на базе GPU», - добавил г-н Уолкер.
Д-р Уолкер отмечает, что всего один GPU Tesla обеспечивает такую же мощь, как и кластер из 512 CPU при симулировании одной наносекунды в жизненном цикле 25000-атомной нуклеосомы. В более простой симуляции растворителя, например в бенчмарке JAC, один GPU Tesla обеспечивает вычислительную мощь, эквивалентную 48 ядрам суперкомпьютера NSF Ranger.
«Порядок прироста производительности рождает новую науку, и работа, проделанная нами вместе с доктором Уолкером, является одним из таких прорывов, - отмечает Эндрю Креши (Andrew Cresci), директор по вертикальному маркетингу в NVIDIA. - Вместе с AMBER 11 ученые теперь могут проверить гораздо больше теорий и провести множество различных симуляций благодаря скорости графических процессоров и, главное, доступности рабочих станций на базе GPU».
Подробнее о AMBER 11 можно узнать на официальном сайте программы.
Ранее редакция THG сообщала, что в Казахстанско-Британском техническом университете (КБТУ) состоялась торжественная церемония запуска суперкомпьютера на платформе IBM BladeCenter, использующего передовые геолого-геофизические технологии компании Paradigm.
